Filho de João de Souza Werneck, importante proprietário de terras do Sertão do Rio Preto, Paulino Werneck nasceu em 16/12/1860. Casou-se duas vezes, sendo pai de três filhos, frutos de sua segunda núpcia com Ernestina de Moraes Werneck.

Diplomou-se em medicina em 1886, seguindo, inicialmente, carreira clínica. Trabalhou em casas de saúde tais quais o Hospital da Santa Casa de Misericórdia e o Hospital de São Francisco da Penitência. Logo em seguida, consagrou-se como higienista ao assumir a direção interina da Assistência Municipal. Durante a gestão de Joaquim José Torres Cotrim na Diretoria de Higiene e Assistência Pública, foi Chefe de Distrito Sanitário, quando também esteve à frente do Posto Central de Assistência, inaugurado em 01/11/1907. Posteriormente, alçou à posição de titular da pasta de Higiene, em cargo vago com a aposentadoria de Torres Cotrim. Deve-se a sua administração a bem-sucedida organização do serviço de socorro de urgência, tendo o Dr. Werneck dirigido o Serviço de Socorros Balneários da Praia de Copacabana, em 1917, durante a gestão de Amaro Cavalcanti (1917-1918).

Foi membro-diretor do Centro da Boa Imprensa e vice presidente da associação beneficente Centro da Boa Esperança. Atribui-se ao ilustre sanitarista a idealização do Serviço Municipal de Pronto-Socorro em carros de tração animal no Rio de Janeiro, bem como a criação do Serviço de Fiscalização do Comércio de leite e produtos laticínios. Em sua homenagem, fora construído o Hospital Paulino Werneck, localizado na Ilha do Governador.

Faleceu em 16/04/1931, aos 70 anos, no Rio de Janeiro. Foi enterrado no cemitério da Penitência.

Amanda Vilela.