Filho do professor Cícero Peregrino da Silva e de D. Maria Souza Leão P. da Silva, Manoel Cícero nasceu em 07/09/1866, em Recife, Pernambuco. Em sua cidade natal fez seus estudos no Ginásio Pernambucano.

Formado bacharel em Ciências Jurídicas e Sociais pela Faculdade de Direito do Recife em 1883, após dois anos recebeu o título de doutor em Direito pela mesma instituição. Em 28/06/1889 foi nomeado bibliotecário da Faculdade de Direito do Recife. No ano seguinte, foi designado para compor o júri da Freguesia de Boa Vista (PE). Foi sócio do Instituto Arqueológico e Geográfico Pernambucano, tendo integrado a Comissão de Contas da organização.

Por seu trabalho desempenhado na biblioteca da Faculdade de Direito, em 30/07/1900 foi convidado por Epitácio Pessoa, então Ministro da Justiça, a mudar-se para o Rio de Janeiro e assumir o cargo de diretor da Biblioteca Nacional.

Foi um ferrenho defensor da necessidade de um novo prédio sede para a Biblioteca Nacional, que ficava localizada no largo da Lapa, sem condições adequadas para acomodar as obras. A construção da nova sede na Avenida Central, atual Avenida Rio Branco, começou em 1905 e só foi concluída em 29/10/1910.

Também propôs reformas administrativas na Biblioteca Nacional, presentes no Decreto nº 8.835 de 11/07/1911. Dentre as medidas estavam a criação de um Conselho Consultivo e a introdução de cursos de formação de bibliotecários, projeto que deu origem ao primeiro curso de Biblioteconomia da América Latina, atualmente vinculado à UFRJ. O decreto também estipulava o envio à Biblioteca Nacional de exemplares de tudo o que fosse publicado no país, com o intuito de preservar o patrimônio bibliográfico brasileiro.

Inicialmente, em 1914, foi designado professor substituto da Faculdade de Ciências Jurídicas e Sociais do Rio de Janeiro,  tornando-se professor catedrático de Direito Romano no ano seguinte. Em 24/01/1917, foi nomeado pelo então Prefeito do Distrito Federal, Amaro Bezerra Cavalcanti de Albuquerque (1917-1918), para o cargo de Diretor Geral de Instrução Pública Municipal. Manteve-se na Diretoria até 16/11/1918, quando assumiu o posto de Prefeito Interino do Distrito Federal. Exerceu o mandato na Prefeitura até 22/01/1919, quando da nomeação de Paulo de Frontin (1919) para Prefeito efetivo do Distrito Federal.

Exonerou-se do cargo de Diretor da Biblioteca Nacional em 1924, assumindo, posteriormente, a Reitoria da Universidade do Rio de Janeiro (1926-1930). Em 13/10/1947, foi agraciado com o título de Professor Emérito da Faculdade Nacional de Direito.

Faleceu no Rio de Janeiro, em 03/10/1956, sendo enterrado no cemitério São João Batista.

José Ygor