Nasceu em 27/08/1842 na vila da Lapa, Paraná, então pertencente à província de São Paulo. Era filho de Gertrudes Pilar do Amaral e Francisco das Chagas do Amaral Fontoura.

Mudou-se para São Paulo em 1854, onde fez seus estudos primários no Colégio São João do Lageado, no município de Sorocaba. No ano de 1862, ingressou na Faculdade de Direito de São Paulo. Ainda estudante, participou da comissão redatora do Archivo Litterario e deu aulas de francês no Colégio Pyratininga, curso preparatório para a faculdade de Direito. Formou-se bacharel em Ciências Jurídicas e Sociais em 1867 e, em seguida, retornou a Sorocaba. No município paulista exerceu por sete anos a advocacia, foi redator e fundador dos jornais Ypanema e Sorocabano, dirigiu a campanha para o lançamento da Estrada de Ferro Sorocabana e foi um dos fundadores da Loja Maçônica Perseverança III, instituição que realizou diversos trabalhos filantrópicos, além de campanhas em prol da abolição da escravidão.

Mudou-se para o Rio de Janeiro, então capital do Império, em 1874, trabalhando em parceria com Saldanha Marinho em sua banca de advocacia. Em janeiro de 1884, foi nomeado membro efetivo do Conselho Diretor da Instrução Primária e Secundária do Município da Corte. Após a proclamação da República, atuou como Inspetor da Alfândega do Rio de Janeiro. Em fevereiro de 1890 assumiu a presidência da Comissão Inspetora da Casa de Correção, permanecendo apenas um mês no cargo, exonerando-se para tomar posse como Presidente do Conselho de Intendência Municipal (07/03/1890 – 11/08/1890).

Entre janeiro de 1891 e dezembro de 1894, foi eleito por dois mandatos senador pelo Paraná. No cargo, presidiu a Comissão dos 21, tendo sido um dos signatários da Constituição promulgada em 1891. Renunciou ao cargo de senador ao ser nomeado ministro do Supremo Tribunal Federal (12/1894 – 05/1896)

Em 25/11/1897 foi nomeado por Prudente de Morais, então presidente da República, para exercer o cargo de prefeito do Distrito Federal. Renunciou ao cargo em 17/11/1898. Posteriormente foi Diretor do Banco da República e Membro do Conselho da Junta Administrativa da Caixa de Amortização (1903) e presidente do Banco do Brasil (1909). Também exerceu cargos diplomáticos como Árbitro do Brasil nos tribunais mistos brasileiro-boliviano e brasileiro-peruano, e embaixador da Comissão Permanente de Arbitramento do Tribunal de Haia.

Ainda em vida, foi homenageado em 31/10/1917 com o decreto municipal nº 1.165, que dá seu nome a uma das ruas abertas na esplanada do antigo morro do Senado, no centro do Rio de Janeiro. Faleceu em 22/01/1920, sendo sepultado no cemitério São João Baptista.

José Ygor Silva Pena