Filho de Paulino José Bonfim, proprietário de engenho, e de Maria Joaquina, descendente de comerciantes portugueses, Manoel Bonfim nasceu em Aracaju, SE, em 08/08/1868.

Mudou-se para Salvador aos 12 anos para concluir seus estudos primários e, em 1886, ingressou na Faculdade de Medicina, a qual concluiu no Rio de Janeiro, em 1890, com a Tese Das nefrites. Exerceu a profissão ao longo de oito anos, durante os quais clinicou na Secretaria de Polícia e fora tenente-cirurgião na Brigada Policial. Mudou-se com sua esposa, Natividade Aurora de Oliveira, e filhos para o interior paulista, Mococa, em 1893. A transferência da capital suscitou, por parte de alguns biógrafos, a teoria póstuma de que Manoel Bonfim pudesse ter sido alvo de perseguições devido a suas convicções antimilitaristas no contexto da presidência de Floriano Peixoto (1891-1894).

Após a morte de sua filha, em 1894, desiludiu-se com a carreira médica e retornou para o Distrito Federal, engajando-se em novos projetos. Em 1896, entrou no magistério como professor de Moral e Cívica da Escola Normal, iniciando seu movimento pela educação, o qual seguiria até o fim de sua vida. As vastas redes forjadas pelo círculo literário carioca o levaram à direção do museu pedagógico Pedagogium, em 1897, através de sua proximidade com o então Prefeito Werneck de Almeida (1895-1897). Neste mesmo ano participou da Direção Geral de Instrução Pública, como membro do Conselho Superior. Em seguida, assumiu as cátedras de Psicologia e Pedagogia da Escola Normal, chegando até mesmo à direção. Foi enviado para Paris, em 1902, em comissão nomeada pela Prefeitura, onde teve a oportunidade de estudar Psicologia e Pedagogia na Sorbonne, com o médico Georges Dumas e o psicólogo Alfred Binet. Desse trabalho, surgiu a ideia do Laboratório de Psicologia Brasileira, abrigado no interior do Pedagogium, instituição que, por sua vez, tinha como lastro o comprometimento com a primazia do ensino nacional. Continuou na direção da Escola Normal, até receber convite para suceder José de Medeiros e Albuquerque na Diretoria da Instrução Pública, como seu interino. Em 27/04/1906 foi nomeado efetivamente pelo Prefeito Pereira Passos para o cargo onde permaneceria até 1907.

A partir do contato com a produção acadêmica europeia, Bonfim elaborou o que viria a ser uma de suas maiores contribuições literárias. As páginas de América Latina, males de origem (1905) vão de encontro às teses racistas, travestidas de evolucionismo social, que alcançavam ampla difusão no início do século. A despeito das formulações que situavam os problemas enfrentados pelo continente na índole dos povos nativos e na miscigenação, Manoel Bonfim descreveu a colonização como a gênese de tais males, além de asseverar que somente a instrução pública e de qualidade seria capaz de repará-los. Suas ideias caminham páreo às posteriormente elaboradas por Jean Piaget e Antonio Gramsci, na medida em que defendeu os componentes histórico e social do fenômeno psicológico, manifestando-se contrariamente às conclusões puramente laboratoriais. O caráter inovador de América Latina lhe rendeu grande repercussão, bem como ácidas críticas. O historiador e folclorista Sílvio Romero, um dos fundadores da Academia Brasileira de Letras e conterrâneo de Bonfim, era tributário das teorias evolucionistas em voga e acabou por registrar tais dissidências em 25 artigos publicados, ao que recebeu apenas uma resposta na imprensa. Merecem igual destaque suas obras Lições de pedagogia (1915), Noções de psicologia (1916), Pensar e dizer: um estudo do símbolo no pensamento e na linguagem (1923), a trilogia O Brasil na América (1929), O Brasil na história (1930) e O Brasil nação (1931); o livro didático Língua portuguesa, em coautoria com Olavo Bilac; e sua obra póstuma Crítica à escola ativa (1932).

Sua dedicação à Academia não impediu sua vivência administrativa, tendo ocupado a cadeira de Deputado Federal pelo estado de Sergipe entre 1907 e 1908.  

Antes mesmo de lançar-se no mundo literário, é necessário apontar sua ativa participação na imprensa brasileira, a qual engrandeceu com a publicação de artigos nos jornais Leitura para todos, A Notícia, Tribuna, Jornal do Commercio, O Paiz, A Nação, A Academia, O Correio da Semana, Correio do Brasil, A Crônica, A Rua, Correio do Povo e O Republicano; e nas revistas: Ilustração Brasileira, Os Annaes e Kosmos. Chegou, inclusive, a fundar, juntamente com Tomás Delfino e Rivadávia Correia, a revista quinzenal A Universal (1901).

Ademais, integrou o Instituto Histórico e Geográfico do Sergipe como sócio correspondente eleito, e participou, em 1915, da recém-criada Liga Brasileira pelos Aliados, presidida por Rui Barbosa.

Faleceu em 22/04/1932, aos 63 anos, no Rio de Janeiro.

Amanda Vilela.